Un arma de exoesqueleto diseñada por Japón, Infinite Stratos (IS) solo puede ser pilotada por mujeres. Su poder y destreza de combate son tan inmensos que se ha firmado un tratado internacional que prohíbe su uso como activo militar.
Cuando se descubre que Ichika Orimura, de 15 años de edad, es el único hombre capaz de dirigir un IS, se lo inscribe por la fuerza en la Academia Infinita Stratos: un internado femenino, cuyos estudiantes se gradúan para convertirse en pilotos del IS. En esta escuela de formación, Ichika se reúne con dos de sus amigos de la infancia, Houki Shinonono y Lingyin Huang, y se hace amigo de Cecilia Alcott, una representante de IS del Reino Unido.
Guiados por el legendario piloto Chifuyu Orimura, su estricto maestro de aula y la hermana mayor de Ichika, Ichika y las niñas deberán usar todo lo que estén a su disposición para defenderse a sí mismas y a su academia contra los peligros que surgirán durante el curso de su emocionante vida escolar.
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